Es ist das späte 26. Jahrhundert. Die Erde erholt sich von einer katastrophalen Explosion, die vor hunderten von Jahren die Mehrheit der Menschheit ausgelöscht und den größten Teil der Erdoberfläche aufgrund extremer Wetterbedingungen unbewohnbar gemacht hat. Die überlebenden Menschen haben sich rund um vier radikale Ideologien (Pfade genannt) zusammengeschlossen, um die Welt wieder so aufzubauen, wie sie es für richtig halten: durch Harmonie, Macht, Fortschritt oder Erlösung. Anhänger der vier Pfade leben in einem zerbrechlichen Frieden, aber in fast vollständiger Isolation zueinander. Ihr einziger Treffpunkt ist die letzte Großstadt der Erde, jetzt nur noch "die Hauptstadt" genannt.

Durch die Aktivierung der mysteriösen Zeitspalten, die sich nach dem Kataklysmus geöffnet haben, kann jeder Pfad zu bestimmten Momenten in seiner Vergangenheit zurückkehren. Auf diese Weise können sie ihren Fortschritt erheblich beschleunigen, aber zu viel Einmischung kann das Zeit-Raum-Kontinuum gefährden. Fortschritt ist jedoch wichtiger als je zuvor: Wenn man der mysteriösen Nachricht glauben darf, die durch den Zeitspalt eintrifft, steht eine noch schrecklichere Katastrophe bevor: Ein Asteroid mit der mysteriösen Substanz Neutronium steuert auf die Erde zu. Noch seltsamer ist, dass die Wissenschaftler zeigen, dass die Energiesignatur des Asteroiden mit der Explosion vor Jahrhunderten übereinstimmt...

Anachrony verfügt über ein einzigartiges zweistufiges Arbeiter-Platzierungs-System. Um in die Hauptstadt zu reisen, um sich in die verwüsteten Gebiete zu begeben oder um Ressourcen zu holen benötigen die Spieler nicht nur verschiedene Spezialisten (Ingenieure, Wissenschaftler, Administratoren und Genies), sondern auch Exosuits, um sie zu schützen und zu verbessern – und beides ist Mangelware.