Der japanische Begriff „Bonsai“ bedeutet „in eine Schale gepflanzt“. Ein Bonsai ist ein lebendes Kunstwerk, eine perfekte Miniaturpflanze, die in jeder Hinsicht mit ihrem ausgewachsenen Vorbild identisch, aber um ein Vielfaches kleiner ist.

In Bonsai schlüpfen die Spieler in die Rolle von erfahrenen Bonsai-Meistern, die ihre eigenen Bonsai züchten wollen. Wer den besten Bonsai züchtet, wird ausgewählt, seinen Bonsai in den kaiserlichen Gärten auszustellen.